奇妙な書店に再就職したクレイが見つけた「存在しないはずの本」たち。どうやら暗号で書かれているらしいそれらの本の解読に、クレイは友人たちの力を借りて挑むが、それは500年越しの謎を解き明かす旅の始まりだった…。