動物と話せるドリトル先生は、名医だが変わり者。世間から遠ざかりひっそりと暮らしていた。しかし、若き女王が重い病に倒れたと聞き、ドリトル先生は動物たちと助手のスタビンズ少年と、治療法を求め伝説の島を探す旅に出る。