薬師寺は現在、浄土宗となっているが、その創建時期は定かではない。「星田懐古史」や「星田歴史風土記」によれば、慶長12年(1607)の六字名号石の存在等から、室町時代頃の創建と推定している。本尊の薬師如来立像(交野市指定文化財)も室町時代の制作である。