人間の体を捨ててナヴィになった元海兵隊のジェイクが、神秘の星パンドラの森で妻ネイティリと家族を築いて10年。やっと訪れた平和もつかの間、再び地球人の侵略が始まる。ジェイク達は海の一族のもとに身を潜めるが…。