家出したさかなの子ポニョは、崖の上の一軒家に住む5歳の宗介に出会う。宗介を好きになるポニョ。だが父に海の中へ連れ戻される。ポニョは魔法を盗み出し再び人間の世界を目指すが、危険な力を持つ生命の水がまき散らされ…。